Caminin tasarımı Hassa Mimarlık Mühendislik İnşaat Ltd. tarafından yapılmış. Projenin mimarı Y. Mimar Muharrem Hilmi Şenalp. Mimar, İslam sanatlarının özü olan fraktal geometri ile tabiattaki formları kullanarak gerçekleştirdiği proje ve binaların yanı sıra, geometrik desenlerin üçüncü boyuta kaldırılmasını ilk defa uygulayıp, yeni strüktürler deneyerek farklı bir uslûb oluşturmaya çalıştığını ifade ediyor. Mimarın eserleri arasında Tokyo Camii ve Kültür Merkezi, Berlin Şehitlik Camii ve Kültür Merkezi, Amerika Diyanet Merkezi, Expo 2005 Aichi Türkiye Pavyonu, Başbakanlık Osmanlı Arşivleri Binası, İstanbul İslam Bilim ve Teknoloji Tarih Müzesi, Eyüp Sultan Türbesi Restorasyonu, Expo 2012 Yeosu Türkiye Pavyonu da bulunuyor. Marmara İlahiyat Fakültesi Camii, önündeki meydanı ve altındaki kültür merkeziyle beraber yaklaşık 30.000 m2’lik inşaat alanına sahip. Camii, bünyesinde dershaneler, konferans salonu, sergi alanları, kitap kafe ve sinevizyon odalarını ihtiva eden sosyal hayata ait bir çekim merkezi olarak düşünülmüş.
Ana ibadet mekanına erişim Mahir İz Caddesi cephesinden çıkılan geniş bir ön avlu üzerinden sağlanmakta. Cami mimarlığında geleneğin sürdürülmesi ve yeniden üretilmesi amacıyla soyutlanması, üslûplaştırılması ve yorumlanması açısından yeni bir ufuk arayışı ortaya konulmuş.
Osmanlı mimarisinin proporsiyonlarının kullanıldığı projede, formlar ve malzeme günümüzün modern malzemeleri: cam, çelik ve fiber takviyeli beton olarak tercih edilmiş.
4 katlı olarak inşa edilen Cami yaklaşık 5 Bin kişi kapasitesinde. İnşası 3 yılda tamamlanan camii onikigen planlı, betonarme altyapı üzerine çelik konstrüksiyon olarak inşaa edilmiş. Caminin yapımında yaklaşık 500 Ton çelik kullanılmış. Minareler ve şadırvanın konstrüksiyonu da tamamen çelik.
Çelikten yapılan camilere güzel bir örnek olan Marmara İlahiyat Fakültesi Camii dönme hissi veren kubbesi ile dikkat çekmekte.
Projede Orta Asya ve Anadolu evlerinde, 1179’da yapılan Erzurum Ulu Camii’nde, 1864’te inşa edilen Kırşehir Çarşı Camii’nde uygulanan 1000 yıllık geleneksel kırlangıç tavan modeli kullanılmış.
Tarihi camilerde kırlangıç modeliyle ahşaptan yapılan kubbe, İlahiyat Fakültesi Camisi’nde çelikle yapılmış.
Caminin kubbe yüksekliği 34,7 metre, minare yüksekliği 57,8 metre. 12 adet çelik taşıyıcı üzerine oturtulan, 35 metre çapında ve 35 metre yüksekliğinde merkezi kubbe, özel geometrik yapısına uygun birleşim detayları ile kademe kademe yükselmekte.
Taşıyıcı kolonlar, tasarımda yer alan ve gelenekte geçiş formu olarak kullanılmış olan Türk Üçgeni formuna uygun olarak bir araya getirilen çelik kirişler ile kubbe cidarına bağlanmakta olduğu belirtiliyor. Bu kısımda yer alan ana çelik kirişe ise, kubbeyi oluşturan çelik yay omurga kirişleri oturmakta. Omurga kirişleri üzerinde, içten ve dıştan mimari tasarıma göre şekillendirilen basamaklı helezon yapı yer almakta.
Selçuklu mimarisinde ahşap ve taş malzemeler kullanılarak uygulanan kırlangıç tavan tekniği, camide günümüz mimarisine uygun olarak fiber takviyeli beton kaplama ve cam ile denenmiş. Algılanan formun oluşmasında kullanılan fiber takviyeli beton malzemeler Fibrobeton® firması tarafından tamamen projeye özel olarak üretilmiş, her bölümde form, boyut ve yapım tekniği olarak özel ürünler geliştirilmiş.
Projede Fibrobeton® kullanılmasının ana nedenleri form ve tasarım açısından özgün ürünler geliştirmeye olanak veren teknolojisi, çelik karkaslı olarak üretilebilen 12-15 mm kalınlıkta kabuk betonun sağladığı hafiflik, çelik strüktürle uyumlu ve çelik sistemlerle çözülmüş ikincil konstrüksiyon ve bağlantı detayları, görsel ve estetik açıdan mükemmel form, doku ve desenler oluşturulabilmesi,
yangın, su, ses, rüzgar ve deprem yükleri açısından üstün yapısal özellikler elde edilmesine imkan sağlanabilmesi olarak açıklanıyor. Kubbenin dış kaplamasında kullanılan Fibrobeton® malzemelerin her biri özel kalıp yapılarak hazırlanmış, 22 farklı planın üst üste çakıştırılması ile oluşan geometride mimariye uygun olarak bölümlendirilen Fibrobeton panellerin en uzunu 7,84 m en kısası 3,81m.
Fibrobeton® paneller çelik karkaslı olarak dizayn edilip montaj detayına uygun şekilde üretilmişler ve monte edilmişler.
Kubbesi haricinde dikkat çeken, geniş yan camları Selçuklu mimarisinde kullanılan geometrik gölgelikler ile desteklenmiş. İç-dış birliğini sağlayacak şekilde, klasik mimaride olduğu gibi dışarıdan içerisi, içeriden de dışarısı net bir şekilde okunabilsin istenmiş. Bu okuma; fiber takviyeli beton kolon kaplamaların aralarında ihtiva eden yine fiber takviyeli betondan üretilmiş Fibro-Light® güneş kırıcılar ile sağlanmakta.
Bu güneş kırıcılar yaklaşık 7,29x7,57 m açıklıkta özel bir sistem geliştirilerek taşıtılmış ve ana çelik konstrüksiyona bağlantısı sağlanmış.
Aynı sistem cami revaklarında da Fibro-Light ® güneş kırıcıların kullanılması ile sağlanmış. Geliştirilen özel bir sistem ile ana çelik konstrüksiyona bağlanan taşıyıcı çelikler fiber takviyeli betondan yapılan
güneş kırıcı panellerin arasına gizlenmiş ve görünüşte havada asılı duran güneş kırıcı panel etkisi yaratılmış. Cami’de hem dış mekanda hem de iç mekanda, minare ve şadırvan da dahil yaklaşık 8.232 m2, cami iç mekanında mihrap da dahil olmak üzere yaklaşık 1.107 m2 Fibrobeton malzeme kullanılmış. Helezonik kubbe, kolonlar ve bunların aralarında yer alan özel güneş kırıcılar dışında kolonlar ve kubbe arasında geçişi sağlayan Türk üçgeni formlarında da Fibrobeton® tercih edilmiş. Camii çelik konstrüksiyonun çift cidarlı fiber takviyeli beton sistemi ile kaplanması açısından da bir ilk olmuş. Yüksekliği 57,8 m olan çelik konstrüksiyonlu minarelerde de yaklaşık 1.532 m2 özel kalıplarla üretilen Fibro-Multiform kaplamalar kullanmış.